Kömürün Muğla’nın doğasına neye mal olduğunu kavrayabilmek için, kömür madenlerinin ve termik santrallerin etkilerine bütüncül olarak bakmak gerekir.
Yatağan ve Milas bölgelerinde geniş alan kaplayan kömür madenleri, önemli derecede arazi bozulması, ekosistem tahribatı, su kirliliği, toprak kirliliği ve hava kirliliğine yol açar. Aynı bölgede yer alan Yatağan, Yeniköy ve Kemerköy termik santralleri kaynaklı hava kirliliği ise bitkiler, ormanlar, sulak alanlar, arılar ve diğer hayvanların yaşamsal faaliyetlerine zarar verir. Termik santrallerden çıkan atık su ve külün güvenli bertarafı sağlanmayarak doğaya karışması ise geniş ölçeklerde ve yüksek seviyelerde doğa tahribatına neden olur.
Kömürün Gerçek Bedelİ çalışması kapsamında yapılan hava kirliliği dağılım modellemesi sonuçlarına göre: Yatağan, Yeniköy ve Kemerköy termik santrallerinden, her yıl doğaya 1 tondan fazla cıva salınıyor. Bu cıvanın %20’si Akdeniz’de deniz suyuna çökeliyor ve balıkların dokularında birikerek besin zincirine karışıyor; Santrallerin çevresindeki 90 km2’lik bir bölgede orman ve tarım alanları üstüne yılda hektar başına 50 kg (SO2 eşdeğeri) asit çökeliyor. Asit kirliliğinin bölgedeki ormanları tahrip ettiği, zeytin ağaçlarının çiçeklerini yakarak zeytin verimini düşürdüğü yöre halkı tarafından yıllardır dile getiriliyor. Bu gözlemler akademik çalışmalarca da doğrulanıyor.